20世纪90年代初，学校成立本科教育督导组，2002年组建了学院二级教学督导队伍。2004年，在原教育督导组的基础上，设立教育督导室，分设“学位与本科教育督导组”和“学位与研究生教育督导组”。2011年3月，学校印发《本科教学督导工作规定》，明确教育督导室为学校直属行政管理机构，下设本科教学督导组，负责组织开展全校本科教学质量监控与评估工作。

1985年，面对高等教育体制改革中出现的新情况、新问题，学校成立了高等教育研究室，隶属于学校教务处。2000年9月，在原高等教育研究室基础上，成立东北农业大学高等农业教育发展研究所。2012年3月，因学校内涵发展建设需要，更名为高等教育研究所，与发展规划处合署办公。

2016年8月，教育督导室、高等教育研究所与教务处教学质量评估中心（科级机构）合并，成立教学质量评估中心。设教学评估科和质量监控科2个科级机构，农业与农村教育、高等教育管理和教育经济与政策3个研究室。

2019年12月，更名为高教研究与教学质量评估中心。为加强教育督导工作，在原质量监控科科级机构基础上加挂教育督导室。